Selepas melepaskan jawatan perdana menteri dan presiden UMNO, beliau berehat sebentar di luar negara dan pada 1 September 2009, beliau dilantik menjadi pengerusi Institut Kefahaman Islam Malaysia (IKIM).

Sebagai Pengerusi Barisan Nasional

Apabila Tun Dr. Mahathir berundur dari arena politik, beliau telah menggantikan beliau sebagai pucuk pimpinan parti pemerintah, Barisan Nasional.

Dalam Pilihan Raya Umum Malaysia 2004 yang merupakan pilihan raya sulung Abdullah sejak menjadi Perdana Menteri, beliau mencapai kemenangan besar untuk Barisan Nasional, parti campurannya, dengan pencapaian 198 daripada 220 kerusi di Parlimen. Di Terengganu, partinya menewaskan PAS yang merupakan kerajaan negeri itu serta hampir-hampir menawan kubu PAS di Kelantan. Kemenangan ini dianggap secara meluas sebagai tanda berkenan kepada visi Islam yang sederhana berbanding fundamentalisme agama serta sokongan kepada dasar-dasar pencegah rasuahnya.Pada September 2004, sewaktu dilepaskan dari penjara, bekas Timbalan Perdana Menteri, Anwar Ibrahim, yang telah dikurung oleh bekas Perdana Menteri, Dr Mahathir, memuji Abdullah di khalayak ramai kerana tidak campur tangan sewaktu mahkamah mengubah keputusan tentang sabitan liwatnya.

Selepas kecemerlangan besar dalam penggal pertama beliau sebagai Perdana Menteri Malaysia apabila menyapu banyak kerusi pada Pilihanraya Umum Malaysia 2004, beliau menerima tamparan dan ujian hebat apabila Barisan Nasional yang diketuainya pada Pilihan raya umum Malaysia 2008 telah gagal mempertahankan majoriti 2/3 kerusi Parlimen dan kehilangan kuasa pemerintahan di 4 buah negeri iaitu Selangor, Pulau Pinang, Kedah, dan Perak kepada parti pembangkang serta sekali lagi gagal merampas balik kuasa di Kelantan dalam Pilihanraya Umum Malaysia 2008. Oleh ini, bekas Perdana Menteri Malaysia Mahathir Mohammad berpendapat bahawa Abdullah harus mempertimbangkan perletakan jawatannya sebagai Perdana Menteri Malaysia setelah kegagalan besar Barisan Nasional dalam pilihanraya tersebut.[11]

Melepaskan jawatan Perdana Menteri

Abdullah tidak menawarkan diri untuk menjadi calon Presiden pada pemilihan Agung UMNO pada 2009. Ini kerana beliau ingin menyerahkan jawatan tersebut kepada pengganti beliau sebagai Presiden UMNO sekaligus sebagai Perdana Menteri Malaysia ke-6.

Modal Insan sentiasa mendapat tempat di hati Tun Abdullah Ahmad Badawi sepanjang memegang jawatan sebagai Perdana Menteri. Ini kerana beliau percaya modal insan merupakan aset terpenting untuk memacu negara ke hadapan. Selain itu pemahaman Islam Hadhari juga menyumbangkan kepada pembangunan modal insan ini. Itulah legasi Abdullah kepada Malaysia selepas mengundurkan diri sebagai pemimpin No. 1 negara. Oleh itu, beliau telah dikenali sebagai Bapa Pembangunan Modal Insan.